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人类研究有GTEx数据库那么大鼠和小鼠研究呢

生信技能树  · 公众号  ·  · 2021-03-12 23:10
GTEx数据库想必大家并不陌生了,通常我们在挖掘TCGA数据库的时候,会发现该项目纳入的正常组织测序结果是非常少的,也就是说很多病人都不会有他的正常组织的转录组测序结果。比如说乳腺癌吧,1200个左右的转录组数据,其中1100左右都是肿瘤组织的测序数据,只有区区100个左右的正常对照。这个时候我们就需要想办法加大正常组织测序样本量,既然TCGA数据库没有,我们就从其他数据库着手。这里值得大力推荐的是GTEx数据库 ,Genotype-Tissue Expression (GTEx)最近有粉丝询问, 他想做小鼠的不同癌症模型,想问问看能不能纳入人类研究领域的GTEx数据库,如何去批次效应,如何转换基因名字。我觉得这纯粹是绕远路了啊,简单搜索一下大鼠或者小鼠研究自己的数据库资源不 ………………………………

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