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iSeq — 小而精的公共数据集下载集成工具

生信技能树  · 公众号  ·  · 2024-08-08 19:58

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工欲善其事必先利其器 iSeq iSeq 是一个bash脚本。要用户的系统支持FTP、HTTP和HTTPS协议,并且必须连接到网络。它提供了一个基本的下载和处理流程,旨在简化从多个数据库获取原始测序数据的过程。其不仅具有多数据库支持(支持GSA、SRA、ENA和DDBJ等多个数据库的下载)、多线程、文件合并、文件校验、自动重试等特性,而且简单易用,上手快。 Github:https://github.com/BioOmics/iSeq/tree/main 编程语言:shell 如何安裝 conda安装 推荐使用conda 安装,因为依赖的软件比较多 # #创建环境 conda create -n iseq # #下载 conda install iseq # #激活环境 conda activate iseq 完整的依赖 依赖项 避坑 不建议和kingfisher安装在一个环境。因为两者依赖性会有冲突(如图所示)。如果不了解kingfisher,见: 一行代码下载原始数据—Kingfisher 如何使用 # # 直接下载gz格式的FASTQ文件 iseq -i ac ………………………………

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