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细胞名字可以不给但是基因名字不能不要啊

生信技能树  · 公众号  ·  · 2024-08-16 14:57

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这些年陆陆续续处理了一两千个单细胞转录组公共数据集了,总是会碰到一些缺胳膊断腿的,比如:GSE233447 GSM7428203 Uterine_neuroendocrine [OE180716630-01] GSM7428204 Uterine_neuroendocrine [OE180716630-02] GSM7428205 Uterine_neuroendocrine [OE180716630-03] GSM7428206 Uterine_neuroendocrine [OE180716630-04] 首先从这个GEO页面的介绍看,还以为是4个样品的10x单细胞转录组,但是实际上是单个样品:a specimen obtained from a patient diagnosed with small cell endometrial neuroendocrine carcinoma (SCNEC) based on pathology. 然后降维聚类分群和命名后,如下所示: 降维聚类分群和命名 但是研究者公开的就是70多M的GSE233447_matrix.mtx.gz文件而已,确实是可以读取: ct=Matrix::readMM( 'GSE233447_matrix.mtx.gz'  )  ct[1:4,1:4] dim(ct) ## 如下所示 4 x 4 sparse Matrix of class  "dgTMatrix"              [1,] . . . . [2,] . . . . [3,] . . . . [ ………………………………

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