如何看一堆基因在各个单细胞亚群是否有差异呢？

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安排学徒复现一个新鲜出炉的阿兹海默症的单细胞文章：《Characterisation of premature cell senescence in Alzheimer’s disease using single nuclear transcriptomics》： Acta Neuropathologica (2024) https://doi.org/10.1007/s00401-024-02727-9 对应的数据集是：GSE264648，大家很容易读取作者提供的表达量矩阵然后进行降维聚类分群。值得注意的是作者重点看了看 the ‘canonical senescence pathway (CSP)’, the ‘senescence initiating pathway (SIP)’  这两个基因列表在单细胞亚群的差异情况，如下所示： 两个基因列表在单细胞亚群的差异情况 左边的气泡图很容易理解，也很容易复现，在前面的降维聚类分群结果的基础上面进行： # 创建基因向量 gene_vector "ABL1",  "AKT1" ,  "ALDH1A3" ,  "ATM" ,  "BMI1" ,  "CCND1" ,  "CDK6" ,                    "CDKN1A" ,  "CDKN1B" ,  "CDKN1C" ,  "CDKN2A" ,  "CDKN2D" ,  "CHEK2" ,  "CITED2" ,  ………………………………