重要的并不是整合与否，而应该是质量控制

主要观点总结

本文描述了一个基于单细胞测序的研究，探讨了胃癌卵巢转移的数据集。文章介绍了数据集的相关信息、研究目的、方法以及结果。数据集链接已提供，文章主要关注了单细胞转录组数据的降维聚类分群、质量控制和数据处理等方面的问题。文章还提到了细胞亚群的识别和分析，以及多个单细胞样品的数据整合过程。此外，文章还讨论了数据过滤过程中的质量控制指标选择问题。

关键观点总结

关键观点1: 文章介绍了胃癌卵巢转移的单细胞数据集

数据集链接已提供，包含45个肿瘤样本的信息。

关键观点2: 文章讨论了单细胞数据的降维聚类分群结果

展示了不同的细胞亚群，如上皮细胞、间质细胞、T细胞等，并讨论了它们的作用。

关键观点3: 文章涉及了数据的质量控制和处理

提到了使用scDblFinder软件包进行数据过滤的过程，并讨论了质量控制指标的选择问题。

关键观点4: 文章提到了多个单细胞样品的数据整合过程

讨论了使用harmony进行数据整合的优缺点，强调了整合过程中样品个体差异和肿瘤病人癌细胞异质性的处理。

关键观点5: 提到了细胞数量过滤问题

文章展示了从大量细胞中过滤到特定数量的过程，并讨论了不同过滤策略的选择依据和数据处理的复杂性。

文章预览

前些天我们众筹了这个2024-HRA004702-胃癌-卵巢转移-单细胞数据集：45 tumor samples from 18 GC patients with OM. 是2024年9月30日，浙江省肿瘤医院 程向东 教授团队联合北京大学生物医学前沿创新中心 白凡 教授团队合作在 Nature Communications 上发表了题为The estrogen response in fibroblasts promotes ovarian metastases of gastric cancer的研究成果，该研究发现雌激素调节卵巢成纤维细胞会促进胃癌的卵巢转移，可能是胃癌卵巢转移好发于年轻女性的重要原因。对应的数据集链接是：https://ngdc.cncb.ac.cn/gsa-human/browse/HRA004702 标题：Application of single cell sequencing in  metastatic gastric cancer 发布日期：2024-07-14 描述信息：Single cell sequencing was performed on samples of ovarian metastasis of gastric cancer to construct a single cell panorama of ovarian metastasis of gastric cancer 访问方式：   Open access BioProject编号:PRJCA017230 因为 ………………………………