花二十万做的大队列转录组告诉你不能这样设计课题啊！

文章预览

学员在掌握了我们的授课的GEO数据挖掘之后通常是会试试看自己感兴趣的科研领域的表达量芯片或者转录组测序公开数据集，然后就各自碰壁，因为绝大部分文献在公开自己的数据的时候往往是会埋一些不大不小的坑。 比如学员就反馈了2020的一个美国纽约的哥伦比亚大学的阿兹海默症研究文章：《T Cell Responses to Neural Autoantigens Are Similar in Alzheimer’s Disease Patients and Age-Matched Healthy Control》， 对应的数据集是GSE153104，可以看到研究者关注的应该是Alzheimer’s disease (AD),和healthy controls (HC).的转录水平的变化，而且还具体到了不同的细胞亚群： PBMCs (HC n=28 and AD n=27), CD4 memory (HC n=28 and AD n=27) CD8 memory (HC n=30 and AD n=26) T cells 这是一个大队列的转录组了，166个转录组测序在2019之前在美帝那边起码耗费二十万人民币经费。但是呢，我们很容易读取作者给出来的表 ………………………………