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转录相关的网络通路,应该是什么亚子?

实验万事屋  · 公众号  · 科研  · 2019-11-12 08:20
读完文献,我相信你们都一时半会儿消化不过来,所以今天还是讲讲工具吧。转录相关的上下游基因联系,包含了转录因子、miRNA、靶基因上下游的联系,才能组成一个像样的故事。夏老师给你们找到的这个昂科,就是一个蛮有意思的,寻找这样联系的工具:直接点进网络分析,比如我要搜一个HIF1α:在图中,会出现这么一个三角的基因node,右侧则是HIF1α的上下游基因,用这个串联成网。当然,你也可以同时输入多个基因,在不明白基因间的关联的时候,分别选择多个上下游,就能将两者连成网络。你会觉得这个其实并没啥,和STRING也差不多嘛……但实际上:其实这是一个转录相关的Network,转录启动和转录后的miRNA调控。促进是绿色信号点,抑制是红色信号点。当然 ………………………………

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