『一键流程』WGCNA version2

ShawnMagic · 简书 · · 2020-07-24 09:23

仓库地址： https://gitee.com/shawnmagic/OneStepWGCNA
水平太辣鸡ಥ_ಥ就不放gayhub了...

之前把WGCNA分析模块化过一次，『代码记录』WGCNA篇。今年又跑了几个数据，然后测试了下各种标准化输入数据的方法，最后花了几天时间还是用R写了个小脚本，实现了一键WGCNA。

代码完善记录
Oct 30, 2020 修复sft中MAD值过滤问题，以及后面gsg过滤时变量名错误。

改动的核心为以下内容：

去掉了样品PCA，热图的内容。
把readcount标准化的方法从 logcpm 改成了 varianceStabilizingTransformation
增加了中间变量的输出，后续可以方便的用不同的表型数据去做 trait-module 相关性热图
对于我做的物种陆地棉（参考基因组：中棉所（CAAS-CRI）TM-1V2）的富集分析，富集分析软件用了TBtools。

文件结构

$ tree 
.
└── 01.OneStepWGCNA
    ├── 01.Rscript
    │   ├── 11.01.PCAandHeatmap.R
    │   ├── 11.02.WGCNA.SFT.R
    │   ├── 11.03.WGCNA.module.R
    │   ├── 11.04.WGCNA.moduleTrait.R
    │   ├── 11.05.WGCNA.HubGene.R
    │   ├── 11.06.heatmap.R
    │   ├── 11.06.heatmapFPKM.R
    │   ├── 11.07.WGCNA.Cytoscape.R
    │   ├── 11.08.OneStepWGCNA.R
    │   ├── 11.09.OneStepWGCNA.R
    │   ├── 11.10.ModuleTrait.R
    │   ├── 11.11.WGCNA.split.Gene.R
    │   ├── 11.WGCNA.RScript.R
    │   ├── alias.sh
    │   ├── go.R
    │   └── kegg.R
    ├── 02.TBtools
    │   ├── 11.10.OneStepEnrichment.sh
    │   ├── CRI.TM1.V2.TBtools.gene2go
    │   ├── CRI.TM1.V2.TBtools.gene2go_ParsedAllGO.xls
    │   ├── CRI.TM1.V2TBtools.gene2ko
    │   ├── TBtools.Plants.KEGG.Backend
    │   ├── TBtools_JRE1.6.jar
    │   ├── alias.sh
    │   └── go-basic.obo
    ├── README.en.md
    ├── README.md
    └── init.sh

解读

最近没空写，先参照仓库下的readme做吧，以后有空会把脚本结构和作用写个说明。丰富下步骤
还是那句话，OneStep的东西，粗略看下还行，要是像真的做好一个WGCNA，最好把manual和FAQ读一下。
未完待续....

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