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R包 | 第3期. 单细胞上游!Cellranger包全解!

观科研  · 公众号  ·  · 2024-10-12 20:00

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本系列推送旨在带领 生信零基础 的科研人一起 学习常见R包相关使用方法以及变量设置。 之前我们介绍了R包的重要性、基本结构以及我们未来的分享框架,并通过函数Dotplot作为引入给大家介绍了一期,本期我们将回归单细胞测序主线,从单细胞测序的第一步:上游Cellranger包说起。 往期回顾: MASCU   第1期. 绪论 第2期. 你真的了解Dotplot嘛? 本 期我们 针对 Cellranger 包本期要分享三个内容, Cellranger 包的主要功能,相关参数调整和实战。 一、Cellranger 功能 Function of Cellranger Cellranger包 主要功能是将公司测序并经过初步处理产生的 fastq数据 转化成为可读入R语言Seurat包的 outs文件夹 ,主要是 filtered_feature_bc_matrix 文件夹,里面具体包括barcodes.tsv.gz;features.tsv.gz以及matrix.mtx.gz三个文件。 二、开发者信息 Developer information CellRanger 是由 10x Genomics 开发的一 ………………………………

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