专栏名称: 医药速览
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如何用pymol绘制今天封面上的图

医药速览  · 公众号  ·  · 2024-08-10 09:21

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如何绘制这张图 1.用命令行下载蛋白结构:在pymol的命令行输入 fetch 1IEP(以这个为例,具体信息可以在PDB中找到) 2.改变界面颜色(Display-Background-White) 3.删除蛋白B链,在命令行输入'rmove chain B, 按回车键 4.删除离子和水分子(14、75和129号水分子与配体有相互作用,故保留):在序列信息一栏选中氯离子和对应水分子,操作对象sele(Action-remove atoms) 5.显示卡通形状 (Action-present—ligand sites—cartoon) 6.复制为obj01(Action—duplicate object) 7.操作对象1iep,令其只显示卡通(Hide—sticks ) 8.操作对象obj01,令其只显示配体和氨基酸(Hide—cartoon) 9.鼠标单击对象liep,暂时不显示卡通;操作界面单击鼠标右键,弹出框中选中center(vis),使对象obj01居中显示 10.操作对象liep_pol_conts,改变氢健颜色(Color—reds—red)绿色棍状显示的是伊马替尼,周围是有相互作用的氨基酸,红色小球是水分子, ………………………………

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