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「TBtools plugin」OneStepWGCNA v2 防呆更新

生信石头  · 公众号  ·  · 2021-03-17 21:48
主要更新内容:对GeneID做了防呆处理。对表型数据和表达量数据的sample排序做了防呆处理。增加了两个函数mergeCutHeight 模块合并剪枝高度minModuleSize 模块最小基因数量解释:「GeneID防呆处理」,有些用户反映说会报表达量矩阵有空行等错误,看过之后发现大部分都有一个特点,就是geneID是纯数字,要知道,在R里面读取数据read.table时,如果你这一列都是数字,R会自动的认为这一类的数据类型是numeric,其实在把表达量矩阵读取到R之后,有一步操作是把第一列GeneID变为行名rownames,如果恰好你的geneID是纯数字,而且连续性较差,会导致rownames的不连续,r会认为跳过的那些行是缺失行,在后续会报错。「这里的解决方案就是读取进来后把第一列geneID的数据类型直接转换为字符 ………………………………

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