专栏名称: BMC科研永不止步
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scCD:单细胞RNA测序污染修正的新方法 | Genome Biology

BMC科研永不止步  · 公众号  ·  · 2024-06-19 18:10

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作者: 王超尘,李婧翌 单细胞/单核转录组测序(scRNA-Seq/snRNA-Seq)被广泛应用于器官中细胞异质性的研究。但在单细胞测序过程中,游离于溶液中的环境RNA(ambient RNA)分子会对所测序的细胞造成系统性的污染,从而引起细胞内源基因的测量表达水平上升并妨碍细胞类型标志基因的识别。在本研究中,研究人员开发了一种名为scCDC的新方法,有效地修正了环境RNA分子的系统性污染。 在此之前,已有的修正方法都尝试全局修正所有基因的污染。本研究利用多份呈现不同污染水平的真实数据集和模拟数据集,对所有的去污染方法的修正效果进行了全面分析。研究结果显示这些方法在多套数据中存在矫正不足或过度矫正的问题。新开发的scCDC方法的突出之处在于,它能检测到导致污染的基因,并专门修正这些基因的表达水平。与已有的去污染方法相比,sc ………………………………

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