一次错误的单细胞转录组定量

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概述：cellranger是10x的标准上游处理软件， 但是只在Linux内核的机器上运行(Ubuntu/Mac)，或者也可以在官网上运行。由于注册原因，尚未成功。 但是官网处理上游文件需要先下载再上传，速度会非常慢，不推荐。首先在SRA网站上下载原始的单细胞测序下机文件  首先是上游文件的下载。在NCBI的GEO上进行搜索，以GSE234052为例。 首先呢，可以看到这个数据集其实是给出来了单细胞表达量矩阵文件， 我们仅仅是为了演示上游fq文件处理哈。 可以看到每一个GSM的样本都对应着数个SRA文件或SRR号，这也就意味着每一个样都有好几个测序文件， 这可能是因为分了多次测序导致的，每一个样的所有测序文件合并起来才是正确的最终文件。 这里以SRR24809309和SRR24809310的一个样为例进行示范。此处在win系统中只进行查看，下载还是要在Linux中进行。 虚拟机配置 + conda环 ………………………………