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bulk层面的癌症和癌旁的表达量差异主要是因为?

生信技能树  · 公众号  ·  · 2024-09-20 07:35

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前面我们探索了: 癌症和癌旁的差异基因能在单细胞层面区分上皮细胞的恶性与否吗 ,是直接使用了作者给出来了的基因列表。具体方法学是:去tcga数据库里面定位到胃癌的转录组测序数据集, 然后根据分组做癌症和癌旁的差异分析后,拿到上下调各自的top50基因列表。 实际上,如果是为了拿到bulk层面的癌症和癌旁的表达量,有非常多的选择,不仅仅是去tcga数据库里面定位到胃癌的转录组测序数据集, 可以是geo数据库的转录组测序,也可以是geo数据库的表达量芯片数据集, 都是bulk层面的。在 癌症和癌旁的差异基因能在单细胞层面区分上皮细胞的恶性与否吗  我们就举例了一个RRA算法,它汇总了9个不同的表达量芯片数据集,都是胃癌和癌旁的差异分析。 任意的单个表达量芯片的癌症和癌旁差异分析都是不够的 我们这里拿GSE54129作为案例,是 ………………………………

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