一步一个坑：单细胞数据的h5ad格式转换成R可读取对象

文章预览

我们生信技能树的马拉松授课群里有个学员在分析单细胞，然后这个单细胞数据是个h5ad，但是呢他又不会python，可急坏了： 报错： 数据为：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE222427 曲折前奏 一开始想挺简单的吧，随手搜了一个帖子： 读取h5ad格式的单细胞文件 第一步就报错： library(SeuratDisk) 错误: package or namespace load failed  for  ‘SeuratDisk’  in  loadNamespace(j  不存在叫‘hdf5r’这个名字的程辑包 缺啥就就安装它： ## 使用西湖大学的 Bioconductor镜像 options(BioC_mirror= "https://mirrors.westlake.edu.cn/bioconductor" ) options( "repos" =c(CRAN= "https://mirrors.westlake.edu.cn/CRAN/" )) # 安装 devtools::install_github( "hhoeflin/hdf5r" ) 然后再次尝试： # h5ad读取方式 # 自己安装  mojaveazure/seurat-disk 这个GitHub包： # remotes::install_github("mojaveazure/seurat-disk") library(SeuratDisk) library(patchwor ………………………………