【技术专栏】如何对CUT&Tag项目进行质控

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一、CUT 技术介绍 CUT （ Cleavage Under Targets and Tagmentation ） 是替换传统ChIP-seq技术来研究与目标蛋白质互作DNA的新技术。与ChIP-seq相同的是都需要利用抗体识别并结合目标蛋白，不同点在于CUT 技术是利用Tn5转座酶与Protein A/G的融合蛋白，通过二抗把Tn5酶复合体引导至目标染色质区域，Tn5转座酶在剪切DNA的同时，在插入位点连接adapter，再通过PCR扩增制备文库（图1）。与ChIP-seq相比，CUT 具有显著优势，如：信噪比高，可重复性好，实验周期短（1天实现从细胞到文库构建），细胞投入量低等，尤其适用于早期胚胎发育、干细胞、肿瘤以及表观遗传学等研究领域。 图1 CUT 实验流程图(Kaya-Okur et al., 2019)。 二、CUT 质控 1.CUT 文库质控  CUT 文库的质控是CUT 项目成功的基础，对文库质量进行严格控制可以减少测序成本和生信分析的计算成本。理想的文库质检图是什 ………………………………