高分单细胞生信文章分析工具整理

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本文对2023-2024年间，100多篇高分生信文章中广泛使用的分析工具进行了整理。这些工具涵盖了单细胞、转录组等。希望能对大家有所帮助。 单细胞上游处理 Cellranger：10x单细胞上游分析。 Spaceranger：10x空转上游分析。 Drop-seq管道：提取细胞条形码和UMI，并对修剪后的读序进行标记。 scNT-seq管道：定量标记和未标记的转录本，支持动态RNA转录本分析。 sam2tsv：用于检测比对序列中的碱基替换（如T-to-C替换）。 DNBelab C Series HT scRNA分析软件套件用于读序拆分、条形码处理和单细胞UMI计数。 https://github.com/MGI-tech-bioinformatics/DNBelab_C_Series_HT_scRNA-analysis-software/tree/version1.0 Fuscia：专为检测单细胞RNA-seq数据中的嵌合转录本而设计。结合条形码信息和转录组序列，识别由基因融合或异常转录事件产生的嵌合转录本。提供高灵敏度和高准确度的嵌合转录本检测。 单 ………………………………