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Linux系统下如何安装R包

基因学苑  · 公众号  ·  · 2024-09-03 10:19

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由于R语言包在Linux系统下无法像windows和macos平台可以直接下载编译好的包,只能从源代码编译。而现在越来越多的R包不仅仅采用R函数编写,还需要调用其他语言,因此编译起来经常出错。如果是管理员用户,可以使用yum或者apt安装R包,但如果是普通用户,就比较麻烦了。这里我们介绍一种老少皆宜的方法。 安装Miniforge3 https://github.com/conda-forge/miniforge/releases #1下载miniforge wget https://github.com/conda-forge/miniforge/releases/download/23.3.1-1/Miniforge3-Linux-x86_64.sh #安装mamba sh Miniforge3-Linux-x86_64.sh #刷新 source ~/.bashrc #添加软件源 conda config -- add  channels bioconda #直接使用mamba mamba 利用conda管理R包 现在R包的功能越来越强大,已经不单纯是几个R自定义函数就能构成一个包了。很多R包会集成很多C或者python的代码,所以需要额外编译,就又回到开源软件的死结:各种环 ………………………………

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