专栏名称: 生信媛
生信媛,从1人分享,到8人同行。坚持分享生信入门方法与课程,持续记录生信相关的分析pipeline, python和R在生物信息学中的利用。内容涵盖服务器使用、基因组转录组分析以及群体遗传。
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肿瘤TMB的计算原理及数学模型

生信媛  · 公众号  · 生物  · 2019-12-05 08:00
    

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作者按:继上周发表了“关于Omisc Core WES计算TMB的一点见解”(基因谷也同时转发了,在此表示感谢!),很多同行来联系并进行了深入交流。本人从事生物信息多年,最近花了近三年的时间夜以继日开发了一系列肿瘤NGS 检测算法(单计算函数自己就创建了近一百个!),包括超高深度测序数据的UMI分子标签算法。同时把这些算法集成到自主开发的云计算系统中。所有的计算都不需用复杂的命令行,简洁的界面化在线操作即可输出完美的报告结果。接下来,我会陆续将介绍计算肿瘤TMB的原理及数学模型,shell脚本计算流程,galaxy可视化编程以及自主开发的计算系统介绍给大家,并免费开放VarScanSomatic开源算法计算项目(http://www.genekras.com,仅代阿里云收取服务器费)给大 ………………………………

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