文献分享｜Nature Communications｜METI：整合细胞形态学和空间转录组学深入分析肿瘤生态系统

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大家好！今天为大家介绍一篇 2024 年 08 月 25 日发表在 Nature Comm unications 的文章，题目为 “ METI: deep profiling of tumor ecosystems by integrating cell morphology and spatial Transcriptomics ” 。 本文提出了一个集成分析框架 METI ，通过结合空间基因表达，组织学以及癌症相关的先前知识，对肿瘤微环境中的癌细胞和其他细胞进行系统分析。 本文的通讯作者是美国德克萨斯大学安德森癌症中心基因组医学系副教授王玲华和美国埃默里医学院人类遗传学系助理教授胡建。 背景介绍 空间转录组学（Spatial transcriptomics, ST）在测量基因表达的同时，保留了传统单细胞测序中无法获得的空间信息，能够反映组织区域和肿瘤微环境（tumor microenvironment, TME）的细胞组成及其空间分布，有助于研究基因在不同组织或肿瘤区域的空间表达模式，以及微环境内细胞相互作用。通过将组织学 ………………………………