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空间转录组|Load10X_Spatial函数修改适配多形式数据 + 空转标准流程

生信补给站  · 公众号  ·  · 2024-11-22 13:50
    

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在 空间转录组|数据读入,标准数据形式外,还有哪些"天残地缺"可以读取 提到了多种形式的数据读取, 在原函数 Load10X_Spatial的基础上进行了 “简陋”的修改,添加一些判断使之可以读取上文提到的多种数据形式。 后台回复 “ 函数 ” 既可以获取 Load10X_Spatial_change.R 和 测试数据文件。第二部分为空转的Seurat标准分析流程,重点介绍了和单细胞转录组的差异。 一 Load10X_Spatial_change函数测试   加载R包和函数,然后使用不用场景进行测试。 library(Seurat) library(jsonlite) library(png) library(tidyverse) library(ggpubr) library(patchwork) source("Load10X_Spatial_change.R") 1, 标准数据读取 含有h5文件 + spatial文件夹 T 0  ".\\outs\\" ,filename =  "filtered_feature_bc_matrix.h5" ) for (i in colnames((T 0 @images$slice1@coordinates))) { T 0 @images$slice1@coordinates[[i]] 0 @images$slice1@coordinates[[i]]) } SpatialDimPlot(T 0 ,a ………………………………

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