主要观点总结
本文介绍了中国科学院古脊椎动物与古人类研究所付巧妹研究团队联合其他单位针对新疆小河墓地出土“最古老奶酪”的系统性古微生物基因组研究成果。该研究被选为Cell重点推荐论文，是国际首个古代奶制品遗存宏基因组研究。研究团队通过自主设计乳酸菌全基因组位点探针，从距今约3500年的古老奶酪样本中提取出高质量的乳酸菌基因组，揭示了开菲尔乳酸菌的另一独立的、东亚内陆传播路线，并探索了其适应性演化历程。此外，该研究还探讨了古人群与发酵微生物的协同演化历史，以及开菲尔乳酸菌的演化过程。
关键观点总结
关键观点1: 研究背景及重要性
该研究是国际首个针对古代奶制品遗存进行的宏基因组研究，对于了解人类历史上发酵微生物的应用和技术交流历史以及发酵微生物本身的演化过程具有重要意义。
关键观点2: 研究方法和关键突破
研究团队通过自主设计乳酸菌全基因组位点探针，将开菲尔奶酪样品中的乳酸菌DNA提升至较高水平，成功提取出距今约3500年的古老奶酪样本中的高质量乳酸菌基因组。这一方法使得第一例古代全基因组研究成为可能。
关键观点3: 研究的主要发现
研究发现开菲尔乳酸菌有两个重要支系，其中一支系包括来自欧洲和亚洲沿海和岛屿地区的菌株，另一支系则包括分布在东亚内陆地区的菌株。研究还揭示了开菲尔乳酸菌的一条新的传播路线，并发现用于制作开菲尔奶酪的产奶山羊来自新石器时代之后广泛分布在欧亚大陆的一个支系。
关键观点4: 研究的深入探究
研究通过对青铜时代和现代开菲尔乳酸菌基因组的比较分析，探究了开菲尔乳酸菌的适应性演化特点，反映了古人群与该共生微生物的协同演化历史。此外，研究还发现了人类长时间的应用和驯化对开菲尔乳酸菌的演化产生了影响。
关键观点5: 研究的评价和影响
国际相关专家对该研究评价极高，认为这是一项罕见的挖掘全新数据的古DNA研究，意义重大。该研究为深入理解相关人群技术文化的交流和发展，与环境高度动态的相互作用提供了全新思路和独特维度。
文章预览
Cell 北京时间9月25日，Cell杂志在线发表中国科学院古脊椎动物与古人类研究所（以下称“古脊椎所”）付巧妹研究团队联合中国科学院大学人文学院杨益民教授与新疆文物考古研究所、新疆大学、国家文物局考古研究中心、北京大学第三医院等单位合作针对新疆小河墓地出土“最古老奶酪”的系统性古微生物基因组研究成果“Bronze Age cheese reveals human-Lactobacillus interactions over evolutionary history”（论文主要完成人付巧妹，刘逸宸、杨益民）。 该研究被选为Cell重点推荐论文，是国际首个古代奶制品遗存宏基因组研究。付巧妹团队历经11年探索和研究，自主设计乳酸菌全基因组位点探针，将开菲尔奶酪样品中的乳酸菌DNA从0.43-0.55%富集提升至64-80%，使得第一例古代全基因组研究成为可能。研究从距今约3,500年的3例古老奶酪样本中提取出26x高质量的古代
………………………………
