蛋白互作网络&网页工具string

文章预览

学习笔记总结于『生信技能树』马拉松课程 GEO数据挖掘系列，第22篇学习笔记：学习使用网页工具string， 制作 蛋 白 互 作网络图 蛋白互作网络的作用：找出差异基因之间的关联，类似于在无标度网络中找出核心基因 string 网页工具：制作蛋白互作网络图 cytoscape 软件：输入差异基因，找hub基因和子网络 cytohHubba 插件：寻找hub基因 Mcode 插件：寻找子网络 1.制作string的输入数据 以下代码衔接在 芯片代码实操（7）差异分析 一文的代码之后 # diffgene.txt rm(list = ls()) load( "step4output.Rdata" ) gene_up = deg[deg $change  ==  "up" , "symbol" ] gene_down = deg[deg $change  ==  "down" , "symbol" ] gene_diff = c(gene_up,gene_down) # 制作string的输入数据 write.table(gene_diff,           file =  "diffgene.txt" ,           row.names = F,           col.names = F,           quote = F) 2.str ………………………………