教你学会ChIP-seq分析 | 第五讲

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写在前面 本次系列文章为大家带来的是生信菜鸟图案的经典文章合辑： 《教你学会ChIP-seq分析》 ， 共九讲内容 。 带领你从相关文献解读、资料收集和公共数据下载开始，通过软件安装、数据比对、寻找并注释peak、寻找motif等ChIP-seq分析主要步骤入手学习，最后还会介绍相关可视化工具。 第五讲：测序数据比对 比对就很简单的了， 各种mapping工具层出不穷，我们一般常用的就是BWA和bowtie了，我这里就挑选bowtie2吧，反正别人已经做好了各种工具效果差异的比较，我们直接用就好了，代码如下： ## step5 : alignment to hg19/ using bowtie2 to do alignment ## ~/biosoft/bowtie/bowtie2-2.2.9/bowtie2-build ~/biosoft/bowtie/hg19_index /hg19.fa ~/biosoft/bowtie/hg19_index/hg19 ## cat >run_bowtie2.sh ls *.fastq | while ………………………………