转录组数据做差异分析，edgeR与DESeq2怎么选？

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在进行RNA-seq数据的差异分析时常用的莫过于edgeR、DESeq2两个软件，对于不同类型的数据其实在软件选择上有所区分，哪怕使用简便的在线工具，也需注意选择不同软件对结果的影响。 对于edgeR与DESeq2软件，它们基于不同的统计模型和假设，适用于不同的数据特性和分析需求，常在对离散度的处理、低表达基因的处理等方面有较大区别：edgeR软件处理零值、低表达基因时更宽松，DESeq2软件则更倾向过滤掉这部分数据： 这也是为什么部分含大量零值的RNA-seq数据，明明有多个实验重复，选择DESeq2无法获得结果、选择edgeR却能运行成功； 如使用工具示例数据上传分析，分别选择edgeR软件及DESeq2软件分析， 上传基因counts整数数据，不支持RPKM、FPKM等处理后的小数数据；分组文件按样本名一列、组名一列，比较组文件每行为一个比较，命名顺序A_vs_B，计算比较 ………………………………