easybio—使用 CellMarker2.0 进行单细胞注释的 R 包

主要观点总结

文章介绍了easybio这个R包在单细胞注释方面的应用，包括如何使用CellMarker2.0数据库进行细胞类型注释，以及其他功能如RNA-seq分析等。文章还提供了安装和使用easybio的指南，以及一些参考教程和联系站长的信息。

关键观点总结

关键观点1: easybio是一个R包，旨在使用CellMarker2.0数据库与Seurat结合简化单细胞注释。

easybio提供了单细胞注释和其他生物信息学工作流程的支持，如RNA-seq分析。

关键观点2: 使用easybio进行单细胞注释的步骤包括设置ggplot2主题，运行Seurat pbmc工作流程，使用cellmarker2.0注释簇，以及根据点图对聚类进行注释。

easybio还提供其他功能，如从GEO到limma‐voom RNA测序工作流程和GSEA/ORA（富集分析）可视化。

关键观点3: 读者可以通过提供的链接了解如何使用easybio进行单细胞注释和其他功能，也可以通过留言或加入QQ交流群获取更多信息。

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文章预览

生信益站，一点就有益 ！ 祝友友们天天开心，月月发 CNS~ 设我为🌟星标，每天就能第一时间看到推送啦~ easybio：使用 CellMarker2.0 进行单细胞注释的 R 包 ❝ easybio ——Comprehensive Single-Cell Annotation and Transcriptomic Analysis Toolkit. 引言 单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 使研究人员能够在细胞水平上研究生物活动，从而发现新的细胞类型并分析细胞间相互作用。然而，在 scRNA-seq 数据中注释细胞类型是一个至关重要且耗时的过程，其质量会显著影响下游分析。准确识别潜在细胞类型为发现新细胞群或识别已知细胞的新标记提供了宝贵的见解，可用于未来的研究。 虽然存在各种单细胞注释方法，但最常见的方法之一 是使用已知的细胞标记 。 CellMarker2.0 数据库是一个从已发表文章中提取的人工管理的细胞标记库，被广泛用于此目的。然而，它目前只提供了一个基 ………………………………