单细胞亚群绝对数量和相对比例的探索

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前面我在： 单细胞转录组降维聚类分群过滤基因和过滤细胞的区别 介绍了文献，题目为“Revealing the transcriptional heterogeneity of organ-specific metastasis in human gastric cancer using single-cell RNA Sequencing”。通讯作者是浙江大学的范骁辉教授，于2022年发表在Clin Transl Med杂志（IF=10.6），这个胃癌单细胞数据集GSE163558的单细胞转录组在降维聚类分群后，就可以看细胞比例的变化情况。 首先就需要查看文献里面的实验设计，一般来说会在文献的附件： 实验共收集了来自六名患者的样本，包括原发肿瘤、非肿瘤邻近组织和转移性肿瘤样本，合起来是10个样品的10x技术的单细胞转录组，可以分成6组，如下所示： 原发肿瘤样本（Primary Tumour, PT） ： 收集了三份原发肿瘤样本，分别命名为PT1、PT2和PT3。这些样本代表了肿瘤最初发生的位置。 非肿瘤邻近组织样本（Adjacent Non-t ………………………………