一文看懂Binder设计🤔

主要观点总结

本文介绍了蛋白设计的一个方面——Binder设计的相关知识和研究进展，包括背景介绍、基于模版的设计、从头设计骨架、序列设计、筛选等方面。

关键观点总结

关键观点1: 背景介绍

介绍了蛋白-蛋白相互作用（PPIs）在细胞功能中的作用以及能够稳健地工程化PPIs对于开发新药物和生物技术工具的巨大潜力。

关键观点2: 基于模版的设计

介绍了基于模板的Binder设计方法，包括侧链嫁接、主链嫁接和定制的从头设计支架等方法，以及相关案例。

关键观点3: 从头设计骨架

介绍了从头设计Binder骨架的三种方法：对接优化型、热点生成型和模板搜索型，以及相关算法如RifDock、MaSIF等。

关键观点4: 序列设计

介绍了逆向折叠设计和蛋白语言模型两种方法用于序列设计，以及相关工作如EvoPro和PepMLM等。

关键观点5: 筛选

介绍了如何筛选设计的Binder，包括靶点自身的疏水性、接触面积、形状互补性、亲和力、带电性和拓扑结构等多个方面的指标和经验。

文章预览

一文看懂Binder设计🤔 一点关于邦德（Binder）小蛋白设计、相关算法以及深度学习如何应用在这方面的学习心得和总结。 目录 1. 背景介绍 2. 基于模版设计 3. 从头设计骨架 对接优化型 热点生成型 模版搜索型 4. 从头设计序列 逆向折叠型 PLM生成型 5. 邦德筛选 6. 讨论总结 1. 背景介绍 许多基本的蛋白功能涉及与其他蛋白的结合，即蛋白-蛋白相互作用（PPIs）。PPIs在细胞功能中起着关键作用，包括信号传导、运输、防御等。能够稳健地工程化PPIs对于开发新的合成生物学工具和基于蛋白质的治疗具有巨大潜力。 1.1 PPI的应用场景 [1] PPIs参与细胞稳态过程，如果这些过程受到干扰，可能会导致许多疾病的进展，包括病理性、退行性或癌症相关疾病。在超过645,000个与疾病相关的PPIs中，只有少数被药物成功靶向。大多数仍然是“不可药物化”的，主要是因为 ………………………………