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差异基因玩腻了,试试差异表达区域(DER)分析?

生信益站  · 公众号  ·  · 2024-10-16 08:00

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生信益站,一点就有益 ! 祝友友们天天开心,月月发 CNS~ 设我为🌟星标,每天就能第一时间看到推送啦~ ❝ DEG(差异表达基因)、DEI(差异表达转录本)、DTU(差异转录本利用率)、DAS(差异可变剪接)我都听过 , DER 是什么概念(玩意)? 转录组差异概念 回顾:《 生信小课堂| DGE、DTE、DTU 傻傻分不清? 》 DER & DiffSegR 要全面了解基因调控,必须彻底了解转录组以及形成转录组的酶和 RNA 结合活动 。虽然已经开发了许多基于 RNA-Seq 的工具来分析转录组,但大多数工具仅考虑注释模式(例如基因)的测序读数的丰富性。 这些注释通常不完整,导致差异表达分析出现错误 。 为了解决这个问题,研究人员提出了 DiffSegR—— 一个 R 包 ,它能够使用 RNA-Seq 数据发现两种生物条件下 转录组区域的表达差异(DER) 。DiffSegR 不需要事先注释,并使用多个变 ………………………………

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