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牛!一行代码解决三大来源的R包安装!

今日病理  · 公众号  ·  · 2024-07-31 00:06
    

主要观点总结

文章介绍了R包的重要性及其来源,探讨了安装R包时可能遇到的问题,并分享了使用BiocManager::install()解决安装多个来源R包的便捷方法。

关键观点总结

关键观点1: R包是R代码的重现基本单元,包含代码、数据、文档和测试,易于共享。

目前存在超过26000个R包,但安装过程中有时会遇到困难,可能需要尝试不同的安装方法。

关键观点2: R包的主要来源有三个:CRAN、Bioconductor和GitHub,每种来源都有相应的安装方式。

使用BiocManager::install()可以方便地安装来自不同来源的R包,包括多个包的批量安装。

关键观点3: 一行代码BiocManager::install()可以安装所有三个来源的R包,简化安装过程。

使用该方法安装后,需要加载库以确认安装是否成功。这种方法可以作为安装R包的一个备选方案,尤其是在遇到安装问题时。


文章预览

R 包是重现 R 代码的基本单元。一个包将代码、数据、文档和测试捆绑在一起,且易于与人共享。目前,CRAN上和Bioconductor上有超过26000 个包,更多的 R 包还在不断地创建和更新中。种类繁多的 R 包是 R 如此成功的原因之一。 网址:https://www.rdocumentation.org/ 面对如此繁多且不断更新的 R 包,有时安装一个 R 包就能耗费洪荒之力,严重阻碍了学习生信的信心和热情。曾经帮一个果友安装 R 包,搞了 4 个小时,能想到的办法都尝试了。比如分别用 Bioconductor、Github尝试,卸载后重装,本地安装等等,都尝试了,就是不行。后来,果友更换了新电脑,顺利地安装上了。根据果友的反馈,可能是电脑系统太旧了,也或者内存太小了。 目前 R 包主要来源有三个:CRAN、Bioconductor和GitHub,都有对应的安装方式: #CRAN包 install .packages( "ggplot2" , repo=site)  # 单个包安 ………………………………

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