SpaGRN：整合「空间临近性」的基因「时空」调控网络推断新算法~

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一、开发背景 单细胞测序因组织解离丢失空间信息，导致两大关键问题： - 局部调控异质性缺失：传统方法（如SCENIC）假设同类型细胞共享相同调控网络，忽视了空间邻近微环境（如血管分布、细胞接触）引发的差异。例如，相邻神经元可能因局部信号激活不同转录程序，但单细胞数据无法捕捉此类空间依赖的调控特征。 - 跨细胞调控路径断裂：细胞间通过L-R传递的信号（如EGF/Wnt）是器官发育的核心，但现有工具难以关联受体激活与下游空间调节子（spatial regulon）的因果路径。 二、算法创新 SpaGRN首创空间调节子解析框架，通过三层次整合： - 空间邻近共表达：基于K近邻图识别局部共现基因模块，筛选受微环境影响的核心调控因子（图1）。 - 顺式调控验证：通过TF结合位点富集分析，从候选模块中提取具有方向性的空间调节子（如小鼠脑中的Bcl11 ………………………………