转录组数据挖掘

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学习笔记总结于『生信技能树』马拉松课程 本系列将学习转录组数据挖掘及代码，那么 转录组数据挖掘 是什么呢？与GEO芯片数据挖掘有什么区别呢？ 转录组和芯片都是一种测定基因表达量的手段，但两者原理不同，分析方法也就不同。 下面介绍转录组对输入数据的要求 一、输入数据 1.表达矩阵 转录组的输入数据与芯片的不同，芯片的表达矩阵用光信号值来表示基因表达量，转录组的表达矩阵不是光信号值 ①矩阵要是数值型的，不能是字符型 ②转录组的数据有好几种类型，而我们需要的是count，要是整数（芯片的是小数），如果是其他类型的后续再说 ③行名最终要转成基因symbol（芯片也是这个要求） ④低表达量的基因要过滤掉（芯片不用，因为光信号之间相对而言不会有太小的值），转录组中有的基因会在大部分甚至所有样本中表达量都为0 ………………………………