Nat. Methods. | PINNACLE：一种基于几何深度学习的上下文蛋白质表征方法

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近年，来自哈佛医学院生物医学信息学系的Marinka Zitnik团队在《Nature Methods》上发表了一篇题为“Contextual AI models for single-cell protein biology”的研究论文。 文章介绍了PINNACLE (Protein Network-based Algorithm for Contextual Learning)，一种能够生成特定生物学上下文下蛋白质表示的几何深度学习模型 。该模型利用多器官单细胞图谱，学习上下文化的蛋白质相互作用网络，从 156种细胞类型 背景中生成 394,760种 蛋白质表示。PINNACLE不仅能识别不同细胞类型的蛋白质功能，还能够精确预测细胞类型特异性的治疗靶点，显著优于当前的无上下文算法。该研究为蛋白质功能解析和分子治疗开发提供了一个崭新的视角，有望推动多样化生物学背景下的基础模型的广泛应用。 关键字： 单细胞转录组学、蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）、上下文蛋白质表征、几何深度学习 引言     ………………………………