如何进行多组学通路富集分析和网络图绘制？

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‍ 如何针对多组学数据进行富集分析，并绘制下图案例的富集网络图？该案例主要使用了 Active ‍ Pathways包 完成 ‍ 通路富集分析，再将结果使用 cytoscape 绘制网络图呈现。 （ Nat Commun ，2024） 分享一个可用于多变量通路富集分析的R包 ActivePathways ，该R包可识别在基因列表或矩阵中代表性过高的基因集，例如pathways或GO terms。ActivePathways使用数据融合方法将多个组学数据集结合起来，根据数据集中信号的显著性和方向对基因进行优先级排序，并对这些优先基因进行通路富集分析。因此我们可以找到由单个或多个组学数据集支持的通路和基因，以及仅通过数据整合后才能显现的、任何单个数据集中未被发现的其它基因和通路。 ActivePathway最新版主要更新了一个DPM法，最新参考出版物如下： 利用DPM对多组学数据进行定向整合： 文中给了3个详细案例，图表 ………………………………