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Subset选取细胞graphs不被清空了?

i生信  · 公众号  ·  · 2024-05-20 07:00
    

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前文《 单细胞与 bulk 数据联合分析“神器” Scissor 踩坑血泪史! 》我们踩过的“ 2 号坑”曾经提到: 单细胞 subset 提取细胞后会将 graphs 清空 。为此,在 Scissor 软件使用中必须用到 graph 的情况下,我们是建议 Scissor 分析 , 细胞的筛选提取至少要在注释之前 ,这样才能 确保流程的正常进行。 但是! 今天小编再次使用subset提取细胞时,意外地发现 graphs竟然未被清空 ,这不禁让我质疑:“难道我之前得出的结论有误?”于是我立刻进行排查。基于上次是在源代码中发现了信息,这次我迅速锁定了查阅方案,那就是看代码! 循着上次的记忆,subset中graphs的信息更新封装在 SeuratObject包的subset.Seurat()函数 中,所以我直接去排查了这个函数,可是并无所获。这时我注意到SeuratObject包的版本似乎与原来的不一样,并且开源代码托管平台GitHub上的源代码(ht ………………………………

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