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生信钱同学
北京大学在读博士生,记录自己的学习日常🌞分享生信知识:如单细胞和空间测序、多组学分析、宏基因组、病理组学、影像组学等生物信息学、机器学习和深度学习内容🌬
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生信钱同学
这个思路好,把自己的研究意义放大了,操作起来也简单,拓展你的生信结果
生信钱同学
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公众号
· · 2024-09-18 07:00
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不设置🌟有时会收不到公众号内容,code一段时间后会失效 这个方法不限制于肿瘤,有时候咱们发现了一个特殊的细胞类型/亚型,也是同样的思路,先和其他常规的同类细胞对比下,看看转录组是否有较大差异,特异富集的基因有哪些,通路有哪些,是否有组织偏好,或者干预偏好性,比如这篇文章,治疗前后的变化。经常会遇到类似的问题。 找到咱们的目的细胞的话,可以提取这个细胞的差异基因,做一个基因集,这样就能用这个基因集做很多事了 ,比如这篇文章,看看这个基因集是不是在其他肿瘤中也富集,或者这个基因集的高低表达是否存在预后上的差异。TCGA肿瘤类型那么好,这还不是想咋展示咋展示。这样就能更加丰富自己的研究价值了, 后面还可以用这个基因集看看空间特征,自己做空间组学或者是找找公共的空间组学数据,都可 ………………………………
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