专栏名称: 生信钱同学
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Nature是怎么做质控的,怎么知道自己整合和批次去除的好不好,有哪些细节要学?

生信钱同学  · 公众号  ·  · 2024-07-13 07:15

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不设置🌟有时会收不到公众号内容,code一段时间后会失效,及时领取之前的代码 ,今日的代码在文章,昨天已经打包了,👀昨天的即可 这几天的生信大文章太多了,读不完,根本读不完 继续解读昨天的nature 从nature中我学会了拟时序分析的天花板操作——以后再也不纠结了+幸运读者名单 学习的点比较多,都是细节 这篇文章主要介绍了血管细胞的质量控制、识别、数据整合和批次效应去除的方法。以下是详细的讲解和中文介绍: 数据整合和批次效应去除 基因和细胞过滤: 去除少于100个细胞表达的基因和表达少于 200个基因(你看看Nature也用200,如果你喜欢某一个亚群,刚刚这个亚群表达的基因在200-500之间,比较低,那你就尝试保留吧,别一股脑的删了) 或多于4,000个基因的细胞。 基因表达矩阵标准化: 标准化整合的基因表达矩阵,并检测出 ………………………………

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