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破译细胞的遗传干扰反应是广泛生物医学应用的基础。然而,目前存在三大主要挑战:预测单基因干扰结果,预测多基因干扰结果,以及预测跨细胞系的遗传结果。 近日,同济大学高溢骋Yicheng Gao, 危志庭Zhiting Wei, 董科竟Kejing Dong, Ke Chen,刘琦Qi Liu团队,在Nature Computational Science上发文,介绍了遗传扰动预测的子任务分解建模Subtask Decomposition Modeling for Genetic Perturbation Prediction (STAMP),这是一种用于遗传扰动结果预测和下游应用的人工智能策略。 基于遗传扰动预测的子任务分解建模STAMP,通过以问题分解的方式,解决了三个递进的子任务,将遗传扰动预测公式化为子任务分解问题,即识别微扰后的差异表达基因,确定差异表达基因的表达变化方向,最后估计基因表达变化的幅度。 基于遗传扰动预测的子任务分解建模STAMP,在三个子任务及其他方面展示
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