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scRNA|R版CytoTRACE v2从0开始完成单细胞分化潜能预测

生信补给站  · 公众号  ·  · 2024-04-25 23:15
    

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        CytoTRACE v2 在2024.03月发表在预印本 Mapping single-cell developmental potential in health and disease with interpretable deep learning 。V2 使用可解释性的AI算法来预测单细胞RNA测序数据的细胞分化潜能。除了给出 从0(分化)到1(全能)的连续发育潜能度量结果外,还根据细胞的发育潜能进行分为6类:具有广泛分化潜能的 全能(totipotent) 和 多能(pluripotent)干细胞 ,到能够产生不同数量的下游细胞类型的  谱系限制性多能细胞( lineage-restricted oligopotent ) , 多能(multipotent) 和 单能(unipotent)细胞 ,再到最终的 分化( differentiated )细胞 。 相较V1的功能和理论的改进详见文献正文,在 代码实现上CytoTRACE v2中拆分为了 R版本和Python版本 ,安装R版本的话 无需配置python 的环境,使用门槛大幅降低。 一 载入R包, 数据 1,R包安装 及 解决报错 根据https://github.com/digitalcytome ………………………………

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