Science | “放松” 的序列空间带来蛋白设计的延展

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最新一项发表在Science的工作开发新方法拓展了可设计蛋白的空间，高准确度 （比对单颗粒冷冻电镜结构Ca-RMSD 1.08 Å, 1.91 Å） 设计长达1,000个氨基酸残基的单链蛋白，并且可以设计蛋白二聚体 （同源或异源） 等，从而为从头设计的蛋白的应用带来了更多可能[1]。 该方法，研究人员称之为- relaxed sequence optimization (RSO) ，的关键点是结合 强化学习 策略和 “放松”的序列空间 （指的不受物理现实限制，每个位点可以是20种氨基酸的叠加态） ，实现丝滑且直接的损失函数计算 （预测的结构和目的结构的差距） 与序列调整。这样，就可以帮助设计 更好的蛋白骨架 （backbone） [1] 。 得到蛋白骨架之后，通过ProteinMPNN[2] （放弃叠加态，利用生成的骨架几何结构来产生可行的序列） 还原序列，然后结合ESMFold [3]或Alphafold2[4]预测/筛选ProteinMPNN产生的序列，最终 ………………………………