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检测SNP的引物探针怎么设计?

实验万事屋  · 公众号  · 科研  · 2017-08-29 10:18
    

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SNP引物和探针的原理在于探针退火温度: SNP的引物探针还是比较讲究的,首先探针的Tm值要比引物高5℃左右,保证引物延伸的时候探针正在模板上卧轨,等待被水解。 SNP检测尽量用MGB探针,由于MGB这种淬灭集团会结合到DNA的小沟,提高Tm值,也就是说普通探针要二三十个碱基才能达到的Tm值,MGB探针十多个就可以达到了。 比如MGB探针如果15个碱基就能达到对应的Tm值,普通探针需要25个,那探针中单个碱基的变化,在MGB探针中就是1/15的温度差,而普通探针则是1/25。MGB探针对于SNP检测的敏感度就更高了…… 举个栗子,探针设计时候温度都是65℃,探针C能完全匹配,那么65℃的时候,探针还有一半结合在模板上。而探针A不能完全匹配到模板,Tm值就变成了65℃-1/15×65 ………………………………

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