Nature | Foldseek助力！糖蛋白结构视角下的黄病毒科系统发育分析

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加 星标 ，再也不怕错过更新！方法见文末动图。 黄病毒科 （Flaviviridae） 是一类具有包膜的正链单链RNA病毒。黄病毒科成员包括多种知名的病原体，如黄热病病毒 （Yellow Fever Virus） 、登革热病毒 （Dengue Virus） 、寨卡病毒 （Zika Virus） 、日本脑炎病毒 （Japanese Encephalitis Virus） 以及丙型肝炎病毒 （Hepatitis C Virus, HCV） 等。 探究类似黄病毒科的这种大而多样的RNA病毒科的进化历史，一般依赖于高度保守的病毒蛋白进行系统发育分析，例如RNA依赖的RNA聚合酶 （RNA-dependent RNA polymerase，RdRp） 。然而，定义病毒生物学和发病机制的功能和特征通常是由保守复制机制之外的高度分化序列编码的，由于其序列的高度差异，很难基于序列进行同源性分析。因此，对病毒长期进化的理解通常是基于对单一蛋白 （RdRp） 的分析，使得我们对全基因组关系以及病毒的 ………………………………