文章复现学习 | ROS（2）单细胞流程

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学习笔记总结于『生信技能树』马拉松课程 本文学习复现《Oxidative Stress Response Biomarkers of Ovarian Cancer Based on Single-Cell and Bulk RNA Sequencing》（基于单细胞和Bulk转录组的卵巢癌氧化应激反应生物标志物）一文中的图，其中Oxidative Stress Response缩写为ROS。文章包含了芯片、转录组、单细胞等技术，适合用来复现及学习 二、单细胞流程 我们查看文章中所用的GSE146026 图7 单细胞数据还是要看看时间的，16年之前还没有单细胞数据，20年算是蓬勃的时期。如果是16年以前的数据，大部分是用比较小众的方法做的 图8 1.创建Seurat对象 数据较大，读取较慢，如果内存过小可能还会读取失败 rm(list=ls()) a0 = data.table::fread( "GSE146026_Izar_HGSOC_ascites_10x_log.tsv.gz" ,                        data.table = F) library(tibble) a = column_to_rownames(a0,var =  "Cell_ID" ) # 11555基因的数 ………………………………