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Reconstructing 3D Spatial Structures of RNA-Tomography Transcriptomes by Tensor Factorization Song, T.; Nguyen, Q.; et.al., Rui Kuang* Department of Computer Science and Engineering, University of Minnesota Twin Cities https://doi.org/10.1101/2024.11.11.623086 来自明尼苏达大学双城分校计算机科学与工程学院的研究团队在这篇文章中提出了TFacTomo方法,用于从冷冻切片的RNA Tomography数据中学习张量分解,以构建3D空间分辨的基因表达。TFacTomo结合了张量分解与损失函数,通过将张量条目折叠以匹配每个冷冻切片中的基因表达和组织掩模来监督学习。此外,为了融入空间和功能先验,还引入了由蛋白质互作网络和空间图构成的乘积图正则化。在实验中,TFacTomo被应用于
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