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RNAseq|Mime代码版-终极101 种机器学习算法组合构建最优预后模型

生信补给站  · 公众号  ·  · 2024-07-18 09:00
    

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Mime1为构建基于机器学习的集成模型提供了一个用户友好的解决方案,利用复杂的数据集来识别与预后相关的关键基因。 前面单独介绍了 Lasso  , randomForestSRC , Enet(Elastic Net) , CoxBoost   和   SuperPC 构建生存模型的方法和参数,本文介绍如何使用Mime1包一体式完成文献中的101种机器学习组合的分析,并输出文献级别的图。 除此以外额外介绍一下 (1)替换自己数据时注意的点 (2)如何 提取指定模型下的riskscore结果 进行后续分析 和 (3)如何 对目标癌种进行模型比较 (胶质瘤可以使用数据内置的)( 个人认为更 重要 ) 一 载入R包, 数据 该包集合了10种机器学习的包,所以安装上会稍微繁琐一下,给点耐心缺什么下载什么。 # options("repos"= c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) # options(BioC_mirror="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/") if (!re ………………………………

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