使用MuSiC分析bulk RNA-seq中的细胞组分

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我们之前已经介绍过如何《 使用xcell根据表达谱推断样本组成细胞的类型 》，具体思路就是根据已知细胞系的表达谱，计算每种类型细胞的特征基因表达，然后评估待检测样本与特征基因之间的关联。今天介绍的这款工具MuSiC其具有更高的可靠性和自由度。     MuSiC主要利用不同细胞类型的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，挖掘其中的特异性基因，进而通过反卷机算法表征复杂组织中bulk RNA-seq的细胞类型组成。，原理示意图如下：  MusiC通过R语言实现，安装代码如下： install . packages ( 'devtools' ) devtools :: install_github ( 'xuranw/MuSiC' ) library ( MuSiC ) 载入胰腺bulk RNA-seq数据： # 32581 features, 89 samples GSE50244 . bulk . eset = readRDS ( 'https://xuranw.github.io/MuSiC/data/GSE50244bulkeset.rds' ) 载 ………………………………