到底是量化样品还是单细胞之间的相关性呢

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前面一直介绍的胃癌单细胞数据集GSE163558，是10个样品的10x技术的单细胞转录组，可以分成6组，并不适合做相关性探索。首先是组别太多了，其次每个组就单个或者两三个样品。 这个是时候我们可以拿2022的这个胃癌单细胞文献做案例，标题是：《Parallel single-cell and bulk transcriptome analyses reveal key features of the gastric tumor microenvironment》，它的实验设计是 48 samples from tumors and matched normal tissue of 24 treatment-naïve patients were sequenced using 10X single-cell RNA-seq platform and then analyzed. 也就是说，这个GSE206785也是胃癌单细胞数据集，但是就两个分组，每个组是24个样品，首先同样的同时量化不同样品的不同单细胞亚群的相关性，如下所示的代码： rm(list=ls()) options(stringsAsFactors =  F ) library (Seurat) library (ggplot2) library (clustree) library (cowplot) library (dplyr) library (stringr) library (ggs ………………………………