从GTEX官网下载表达谱数据并与表型文件整理合SummarizedExperiment格式

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前言 官网（可以按照组织类型下载） 下载了TPM与count格式，最后会统一合并进SE对象中 表型文件 数据下载官网地址：https://gtexportal.org/home/datasets 代码分享 library(SummarizedExperiment) library(tidyverse) library(TCGAbiolinks) library(openxlsx) library(data.table) library(IOBR) #读取表型数据 pdata "GTEx_Analysis_v8_Annotations_SubjectPhenotypesDS.txt") #读取count数据 c1 "gene_reads_2017-06-05_v8_colon_sigmoid.gct.gz") c2 "gene_reads_2017-06-05_v8_colon_transverse.gct.gz") c.all %select(-c(1:2)) #合并数据 #查看是否有重复值 isUnique(c.all $Description )%>%table() #去除重复 c.all"Description") #再次查看 isUnique(rownames(c.all))%>%table() #读取TPM数据 t1 "gene_tpm_2017-06-05_v8_colon_sigmoid.gct.gz") t2 "gene_tpm_2017-06-05_v8_colon_transverse.gct.gz") t.all %select(-c(1:2)) #合并数据 #查看是否有重复值 isUnique(t.all $Description )%>%table() #去除重复 t.all"Description") #再次查看 ………………………………