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构建准确的蛋白质-配体结合姿态是基于结构的结合亲和力预测的先决条件,这为小分子药物设计中的先导优化提供了结构基础。然而,由于小分子化学空间的复杂性和多样性,对不同分子的结合姿态进行合理的预测是一项挑战。 本文介绍的是近期发表在《Journal of Chemical Information and Modeling》上的一篇题为《Fully Flexible Molecular Alignment Enables Accurate Ligand Structure Modeling》的文章。 在该论文中, 作者开发了一种基于相似性的分子对齐算法Z-align,该算法利用分子的拓扑结构信息作为相似性评价标准,采用了全柔性的分子优化策略,从而实现精确的配体分子结构建模。 该论文的第一作者为山东大学物理学院在读博士王志豪,共同通讯作者是郑良振博士(智峪生科)、李伟峰教授(山东大学物理学院)、彭向达博士(智峪生科)。 在小分子药物设计领域,
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