GEO数据挖掘01！SRA原始测序数据下载！

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在挖掘数据时，如果只是用别人比对好的GEO表达矩阵去分析差异基因，很有可能一些 基因已经被研究过了，导致创新性不足。 SRA（Sequence Read Archive）数据库存储了二代测序的原始数据 ，还有很大的挖掘空间 。 比如人家只做了编码基因，我们就 可以研究非编码基因；人家只做了非编码基因，我们就可以研究编码基因。 网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra 高通量测序数据分析流程 ：① 测序数据下载 ；②质控与过滤；③序列比对；④序列组装；⑤表达定量和差异分析及富集分析等。根据数据产生特点，将SRA数据分为四类：Study--研究课题；Experiments--实验设计；Runs--测序结果集；Samples--样品信息。SRA中数据结构的层次关系为：Studies->Experiments->Samples->Runs。 一个Study可能包含多个Experiments。Experiments则包含了Sample、DNA source、测序平台、数据处理等。一个Experi ………………………………